一般辨别迷你鹦鹉鱼公母可以从：1.发情期体色（部分母鱼可以观察到有“孕斑”或“下管”）＞2.鱼体大小＞3.头部后方＞4.背鳍拉丝，这几个维度来辨别。1.发情期体色是绝对准确。（包括“孕斑”和“下管”）2.鱼体大小会需要在小群体之间相互对比来判断。3.头部后方主要针对公鱼，但也有的公鱼头部后发凸起并不明显。4.背鳍拉丝是最不准确的。
迷你鹦鹉鱼公鱼特征：①：头部上方至背鳍最前端处有肉状瘤突起。②：发情期尾鳍连接尾炳基部处及臀鳍靠近尾鳍处会发红。③：一般雄鱼背鳍末端拉丝较长，通常可以长于尾鳍（但这个判断方法不是特别准确）。④：雄鱼的体型会比母鱼更大，颜色更鲜艳。
迷你鹦鹉鱼母鱼特征：
①：母鱼头部上方至背鳍最前端无突起。
②：发情期尾鳍连接尾炳基部处及臀鳍靠近尾鳍处会发黄，腹鳍至臀鳍间偶见输卵管突出。
③：一般雌（母）鱼背鳍末端拉丝较短，但也有尾鳍较长的（但这个判断方法不是特别准确）。
④：母鱼体型比雄鱼小。
